BIOSTICKER

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BioSticker est une série de conférences mensuelles autour de la bioinformatique et dans le périmètre d’Atlanstic, la fédération de recherche CNRS qui regroupe les laboratoires en STIC des Pays de la Loire.

Le principe est simple : un orateur « local » invite un orateur extérieur, proche de ses thématiques de recherche ou ayant un projet de recherche en commun. Pendant les 15 premières minutes, l’orateur local présente ses thématiques et introduit l’orateur invité qui donne ensuite une conférence dans un format plus habituel (45 minutes plus questions).

Pour consulter la liste de tous les séminaires, visitez la rubrique Séminaires passés.


Prochain séminaire

4 novembre 2016

Horaire :  11h

Lieu :  Salle 3 – LINA (Bâtiment 11, Université de Nantes, UFR Sciences et Techniques, 3 chemin de la Houssinière 44300 Nantes)

Orateur invité :  Jean-Luc Jung (BioGeMME, Université de Bretagne Occidentale, Brest)

Titre : Biodiversité des mammifères marins et écologie moléculaire : outils d’analyse des polymorphismes de l’ADN

Résumé : La biodiversité des mammifères marins reste encore largement à étudier. Définition de nouvelles espèces, extension d’aires de répartition connues, identification et explication de l’existence de groupes au sein des espèces sont autant de sujets d’étude pour les écologistes moléculaires.

Au laboratoire BioGeMME de l’Université de Brest, nous mettons en oeuvre des outils d’analyse de polymorphismes de l’ADN au sein des populations naturelles pour décrypter des cas complexes. En termes de biodiversité spécifiques, la démarche du code barre ADN (« DNA barcoding ») qui s’appuie sur une base de données de plus en plus étendue (http://www.boldsystems.org/) permet, avec de très bons taux de succès, de définir l’espèce dont provient un échantillon animal. De manière innovante, nous l’avons appliquée aux mammifères marins, ce qui nous a permis de dresser des catalogues d’espèces, et a apporté quelques résultats spectaculaires (caractérisation par un consortium international d’une espèce cryptique de baleine à bec dans le Pacifique Nord et découverte en Mauritanie du rorqual le moins connu, Balaenoptera omurai).

Nous étudions aussi les baleines à bosse, à Madagascar, en mer de Béring et autour de l’archipel de Saint-Pierre-et-Miquelon. Cette espèce montre des structurations génétiques très fortes. Les corrélations entre comportement et génétique sont particulièrement intéressantes à décrypter. Les liens, et surtout les différences, entre cette diversité et les groupes définis par la commission baleinière internationale sont aussi un sujet de réflexion actuel.

Les outils d’analyse sont basés sur les principes de la génétique des populations. Leur mise en oeuvre et le type de résultats qu’ils permettent d’obtenir dans notre cas d’étude seront décrits.

Orateur local :  Stéphane Téletchéa (Team Protein Design In Silico – UFIP, Université de Nantes)


Les équipes

  • ICLN (Interaction, Connaissances et Langage Naturel) – LERIA, Angers
  • MOA (Métaheuristiques, Optimisation et Applications) – LERIA, Angers
  • SDO (Systèmes Dynamiques et Optimisation) – LARIS, Angers
  • MeForBio (Méthodes Formelles pour la Bioinformatique) – IRCCyN, Nantes
  • DUKe (Data User Knowledge) – LINA, Nantes
  • COMBI (Combinatoire et Bioinformatique) – LINA, Nantes

Partenaire

Atlanstic


Contact

Pour toute demande d’information, merci de prendre contact avec les organisateurs du séminaire :

  • Abdelhalim Larhlimi (COMBI, LINA – Nantes) : abdelhalim -dot- larhlimi -at- univ-nantes.fr
  • Géraldine Jean (COMBI, LINA – Nantes) : geraldine -dot- jean -at- univ-nantes.fr

Groupement de Recherche en Intégration de données Omics à Très grande Echelle