Calendrier

Oct
20
jeu
groupe de travail Recherche
Oct 20 @ 14 h 00 min – 16 h 00 min
groupe de travail Recherche @ LINA - salle 105 (1er étage) | Nantes | Pays de la Loire | France

10e réunion

Ordre du jour :

Marko Budinich, doctorant GRIOTE encadré par Jérémie Bourdon, Damien Eveillard (LINA) et Bruno Saint Jean (PBA), nous présentera ses travaux de thèse en cours : « Metabolic Modeling of Microbial Ecosystems ».
Cette présentation sera suivie d’une discussion scientifique.

Nov
4
ven
Séminaire Biosticker
Nov 4 @ 11 h 00 min – 12 h 30 min

Orateur invité : Jean-Luc Jung (BioGeMME, Université de Bretagne Occidentale, Brest)

Titre : Biodiversité des mammifères marins et écologie moléculaire : outils d’analyse des polymorphismes de l’ADN

Résumé : La biodiversité des mammifères marins reste encore largement à étudier. Définition de nouvelles espèces, extension d’aires de répartition connues, identification et explication de l’existence de groupes au sein des espèces sont autant de sujets d’étude pour les écologistes moléculaires.

Au laboratoire BioGeMME de l’Université de Brest, nous mettons en oeuvre des outils d’analyse de polymorphismes de l’ADN au sein des populations naturelles pour décrypter des cas complexes. En termes de biodiversité spécifiques, la démarche du code barre ADN (« DNA barcoding ») qui s’appuie sur une base de données de plus en plus étendue (http://www.boldsystems.org/) permet, avec de très bons taux de succès, de définir l’espèce dont provient un échantillon animal. De manière innovante, nous l’avons appliquée aux mammifères marins, ce qui nous a permis de dresser des catalogues d’espèces, et a apporté quelques résultats spectaculaires (caractérisation par un consortium international d’une espèce cryptique de baleine à bec dans le Pacifique Nord et découverte en Mauritanie du rorqual le moins connu, Balaenoptera omurai).

Nous étudions aussi les baleines à bosse, à Madagascar, en mer de Béring et autour de l’archipel de Saint-Pierre-et-Miquelon. Cette espèce montre des structurations génétiques très fortes. Les corrélations entre comportement et génétique sont particulièrement intéressantes à décrypter. Les liens, et surtout les différences, entre cette diversité et les groupes définis par la commission baleinière internationale sont aussi un sujet de réflexion actuel.

Les outils d’analyse sont basés sur les principes de la génétique des populations. Leur mise en oeuvre et le type de résultats qu’ils permettent d’obtenir dans notre cas d’étude seront décrits.

Orateur local : Stéphane Téletchéa (Team Protein Design In Silico – UFIP, Université de Nantes)

Fév
2
jeu
Colloque GRIOTE
Fév 2 Journée entière

Programme :

  • 09h00 : Accueil – café (30 min)
  • 09h30 : Bilan du projet (30 min)
  • 10h00 : Présentations flash de doctorants (45 min)
    • 10h00 : Nicolas Daccord (15 min)
    • 10h15 : Matthieu David (15 min)
    • 10h30 : Joanna Giemza (15 min)
  • 10h45 : Pause (30 min)
  • 11h15 : Présentations flash de doctorants (1 h 15 min)
    • 11h15 : Arthur Chambon (15 min)
    • 11h30 : Bertrand Miannay (15 min)
    • 11h45 : Clément Niel (15 min)
    • 12h00 : Marko Budinich (15 min)
    • 12h15 : Marc Legeay (15 min)
  • 12h30 : Déjeuner – cocktail (1 h 30 min)
  • 14h00 : Dynamique de la bioinformatique en Pays de la Loire (1 h 30 min)
    • Formation
    • Infrastructures
    • Recherche / innovation
  • 15h30 : Pause (30 min)
  • 16h00 : Perspectives après GRIOTE (1 h)
Mar
24
ven
Séminaire Biosticker
Mar 24 @ 11 h 00 min – 12 h 30 min

Orateur invité :  Dr Marc Deloger (Plateforme de bioinformatique, Institut Curie, Paris)

Titre : La médecine de précision en action : comment les NGS et la bioinformatique peuvent améliorer les soins aux patients atteints de cancer ?

Résumé : Selon les instituts américains de la santé (NIH),  la médecine de précision est « une approche innovante pour le traitement et la prévention de maladies qui prend en compte la variabilité individuelle au niveau des gènes, de l’environnement et du mode de vie de chacun ». Le but final est de prévoir plus précisément le type de stratégies de prévention et les traitements qui correspondraient le mieux à un patient précis et pour une maladie précise.
Dans ce séminaire, je vais présenter comment la médecine de précision est implémentée à l’Institut Curie pour le traitement des cancers des patients. L’ADN et l’ARN de la biopsie tumorale ainsi que du sang périphérique de chaque patient est extrait et passé à travers de multiples technologies : puces CGH, panel de gènes, séquençage complet de l’exome et de l’ARN. Les résultats de chaque patient sont ensuite analysés et présentés de manière « intégrée » lors de réunions pluri-disciplinaires rassemblant cliniciens, chercheurs et ingénieurs. Cette manière de faire est à l’opposée de l’approche traditionnelle « un même médicament/traitement pour tous les malades d’une même pathologie » où les stratégies de prévention et de traitement sont développées pour correspondre à une population « moyenne » représentative. Pendant ce séminaire, je vais insister sur les aspects suivants : a) mise en correspondance de résultats de différentes technologies pour la médecine de précision; b) les rapports bioinformatiques fournis aux cliniciens afin de les aider à prendre des décisions quant au traitement du patient; c) des cas cliniques pour illustrer le processus décisionnel lors des réunion pluri-disciplinaires.

Orateur local :  Stéphane Téletchéa (Team Protein Design In Silico – UFIP, Université de Nantes)

Mai
5
ven
groupe de travail Recherche
Mai 5 @ 13 h 30 min – 15 h 00 min
groupe de travail Recherche @ LS2N - bâtiment 34 - salle C | Nantes | Pays de la Loire | France

11e réunion

Ordre du jour :

Jennifer Rondineau, doctorante encadrée par Stéphane Minvielle et Florence Magrangeas (CRCINA), nous présentera ses travaux de thèse en cours : « Evolution de l’hétérogénéité épigénétique et génétique dans le myélome multiple ».

Cette présentation sera suivie d’une discussion scientifique.

Mai
19
ven
Séminaire Biosticker
Mai 19 @ 10 h 30 min – 12 h 00 min

Orateur invité :  Aurélien Serandour (CRCINA équipe 11, Centrale Nantes)

Titre : Epigenomics: a tool to understand transcription regulation in cancer

Résumé : Scientists have studied human mutations of the coding genome for decades. This is in fact the tip of the iceberg of human disease-related mutations. More than 90% (maybe more) of the SNPs identified in GWAS studies are in fact located in non-coding regulatory elements (non-coding RNA, promoters, enhancers, insulators, splicing sites etc). I will show you how -omics methods allow us to better understand transcription regulation by non-coding regulatory elements in cancer and human diseases.
In particular, epigenomics methods provide genome-wide mapping of transcription factors binding, histone and DNA modifications. Our current aim in Team 11 CRCINA (PI: S. Minvielle) is to map the active regulatory elements in clinical samples (normal plasma cells and multiple myeloma) so that we can identify key regulatory elements and key transcription factors implicated in the disease.

Juin
16
ven
Séminaire Biosticker
Juin 16 @ 10 h 00 min – 11 h 30 min

Orateur invité :  Lucie POULIN (Laboratoire de Biologie et de Pathologie Végétales (LBPV), Université de Nantes)

Titre : Microbiota role in the host plant – parasitic plant interaction

Résumé : The holoparasitic species of the genera Orobanche and Phelipanche (broomrapes) impact several important crops (legumes, sunflower, oilseed rape, tomato) in fields of Mediterranean and warm temperate areas of Europe, North Africa and the Middle East. These parasitic plants have a typical biological cycle that witness of the adaption to their host plants as a result of a long parasitic co-evolution. Basically, they have developed remarkable physiological and morphological adaptations including a host-stimulant-dependent seed germination and the development of a haustorium, an organ which invades host tissues and establishes a physiological continuum between the parasite and the host for translocation of host resources. Both features have evolved in the presence of specific molecular signals produced largely by host roots.
Essentially the rhizospheric communication is the pillar of the host plant – parasitic plant interaction. While rhizospheric microbiota certainly play an important role in the interplay, no description has been carried out so far. We propose to explore the microbiota in the rhizosphere with and without a priori approaches utilizing meta-omics techniques. After a quick presentation of my background, I will go over the research line and experimental approaches that we project.


Juin
19
lun
petit déj’ de la bioinfo
Juin 19 @ 9 h 30 min – 11 h 30 min
petit déj' de la bioinfo @ IRS-UN - salle Hall (RdC) | Nantes | Pays de la Loire | France

Échanges autour de « Linked Data: why, what, and how ? » avec la présentation d’Alban Gaignard et Marie Lefebvre.

Juil
11
mar
Séminaire Biosticker
Juil 11 @ 10 h 30 min – 12 h 00 min
Séminaire Biosticker @ LS2N - bâtiment 34 - amphithéâtre | Nantes | Pays de la Loire | France

Orateur invité :  Marco ANGULO (Institute of Mathematics, UNAM-Juriquilla, Mexico)

Titre : Controlling host-associated microbial communities: a theoretical framework

Résumé : Controlling host-associated microbial communities provides a way to restore disrupted communities in our body and the environment, helping us to improve our health and that of the ecosystems in Earth. But this potential has not been fully harvested due to the lack of a systematic design method for controlling complex microbial communities. In this talk, I will present our recent work that introduces a rigorous theoretical framework to address this challenge, based on the novel notion of structural accessibility. The framework let us identify minimal subsets of driver species” that provide full control of the community and systematically design control strategies for restoring it. We illustrate our framework by simulation, controlling the core microbiota of a sea sponge and the dysfunctional gut microbiota of mice.

Orateur local :  Claude MOOG (LS2N, Centrale Nantes)

Juil
12
mer
groupe de travail Recherche
Juil 12 @ 14 h 30 min – 16 h 00 min
groupe de travail Recherche @ LS2N - bâtiment 34 - salle C | Nantes | Pays de la Loire | France

12e réunion

Ordre du jour :

David Goudenège et Vincent Procaccio (MITOVASC, CHU d’Angers), nous présenteront leurs thématiques de recherche avec une présentation intitulée : « Apports du NGS dans la compréhension et le diagnostic des mitopathies ».

Cette présentation sera suivie d’une discussion scientifique.

Groupement de Recherche en Intégration de données Omics à Très grande Echelle